2026/7/3
生物信息学AI制药
Squidpy Visium 空间转录组入门实战
用 Squidpy 跑通 10x Visium H&E 示例数据，构建空间邻接图，完成邻域富集分析与 Moran's I 空间可变基因检测，并输出结构化质量报告。
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按主题快速浏览软件工程、AI Agent、深度学习与 AI 制药实践笔记。
共 41 篇文章，记录学习历程
2026/7/1
生物信息学AI制药
Scanpy scRNA-seq 单细胞转录组标准分析实战
以 PBMC 3k 为例，用 Scanpy 跑通 scRNA-seq 全流程——QC 过滤、归一化、高变基因筛选、PCA 降维、UMAP 可视化、Leiden 聚类与细胞类型注释，并理解每条咒语背后的「为什么」。
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2026/6/17
Agent开发人工智能
LangGraph 入门：用 StateGraph 构建 Agent 的五步流程
从定义状态、节点、连边到条件路由和编译运行，用 LangGraph 把 Stage 3 手写的 ReAct 循环变成一张可执行的图。核心记忆口诀：State 是数据，Node 是动作，Edge 是流程，条件边是 agent 的自主性所在。
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2026/6/15
Agent开发人工智能
04-从零手写 ReAct 循环：Agent 的心跳是怎么转起来的
不依赖任何框架，用原生 tool_calls + 一个 while 循环手动跑通 ReAct。搞懂四件框架替你藏起来的事：messages 为何越滚越长、tool_call.id 配对、finish_reason 含义、max_iter 安全网。
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2026/6/15
Agent开发人工智能
04-ReAct 文本协议对照版：用正则解析实现 Agent 心跳
不借助 function calling，用纯文本协议（Thought/Action/Observation）手写 ReAct 循环。与原生 tool_calls 版对照阅读，彻底看清工具调用协议这一层的本质，以及 agent 心跳是如何用一个 while 循环转起来的。
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2026/6/14
Agent开发人工智能
03-多工具选择：模型的工具选择与边界识别能力
在天气查询、货币换算、文本翻译三个工具并列场景下，测试模型的「选对」与「忍住」能力，尤其是含干扰项的边界问题。派生自练习1，深化对 description 黄金法则的理解。
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2026/6/13
Agent开发人工智能
02-Tool Schema 设计规范：好写法 vs 坏写法对照
通过同一货币换算工具的好坏两份 Schema 对比实验，总结四条 Schema 设计黄金法则：description 写「什么时候用」、参数类型正确、明确 required 字段、用 enum 锁死可选値。
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2026/6/10
Agent开发人工智能
01-Function Calling 入门：单工具单次调用
从零理解 Function Calling 的完整流程——模型只负责决策和输出参数，真正执行函数的是你自己的代码。通过单工具天气查询示例，掌握工具调用的三步闭环。
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2026/6/5
AI制药随笔
AI 在生物制药中的作用
从疾病研究、靶点发现、分子设计到临床和上市后监测，梳理 AI 在生物制药流程中的主要位置。
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2026/6/4
Agent开发人工智能
PharmaLitQA：一个生物医药文献 RAG 智能问答系统的设计与实现
从 0 到 1 搭一个垂直领域的检索增强问答系统：多路召回 + 重排序 + 大模型生成，配合 PubMed 文献自动同步。本文按「技术栈 → 它是什么 → 有哪些功能 → 业务流程 → 每个功能怎么实现」的顺序展开。
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2026/6/3
AI制药深度学习人工智能
第 4 周：用 ESOL 和 RandomForest 建一个分子性质预测 baseline
记录从 ESOL 数据、RDKit descriptors 到 RandomForest 回归模型的第一版分子水溶解度预测实验。
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2026/6/3
AI制药深度学习人工智能
第 5 周：Morgan Fingerprint 和 MLP 的第一次模型对比
记录用 Morgan Fingerprint 训练 MLP，并和第 4 周 RandomForest baseline 做 ESOL 水溶解度预测对比。
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2026/6/3
AI制药深度学习人工智能
第 6 周：Tox21 多标签毒性预测
记录从 ESOL 回归转向 Tox21 多标签分类时，模型输出、loss、mask 和评估指标的变化。
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2026/6/3
AI制药深度学习人工智能
第 7 周：Scaffold Split 和 GNN 入门
记录 random split 与 scaffold split 的差异，以及从 Morgan Fingerprint 过渡到分子图和简单 GCN baseline 的过程。
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2026/6/3
软件工程
精炼版 RuoYi-Vue-Plus 后端：从多模块骨架到数据权限与多租户
用 Java 21 + Spring Boot 3.5 + MyBatis-Plus + Sa-Token 从零搭一套多模块 RBAC 后端，讲清分层、统一响应、持久层基建、声明式鉴权、数据权限 AOP、多租户行级隔离，以及两个值得记下来的排错故事。
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2026/6/3
软件工程
精炼版 RuoYi-Vue-Plus 前端(Vue版)：从零做一套不臃肿的 RBAC 中后台前端
精炼重构 RuoYi-Vue-Plus / plus-ui 的前端实践——从业务上讲清 RBAC 权限闭环（动态路由 + 按钮指令）是怎么转起来的，再摊开一串"type-check 全绿、联调才暴露"的真实跨仓契约坑。
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2026/6/3
AI制药深度学习人工智能
第 4 周：用 ESOL 和 RandomForest 建一个分子性质预测 baseline
记录从 ESOL 数据、RDKit descriptors 到 RandomForest 回归模型的第一版分子水溶解度预测实验。
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2026/6/3
AI制药深度学习人工智能
第 5 周：Morgan Fingerprint 和 MLP 的第一次模型对比
记录用 Morgan Fingerprint 训练 MLP，并和第 4 周 RandomForest baseline 做 ESOL 水溶解度预测对比。
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2026/6/3
AI制药深度学习人工智能
第 6 周：Tox21 多标签毒性预测
记录从 ESOL 回归转向 Tox21 多标签分类时，模型输出、loss、mask 和评估指标的变化。
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2026/6/3
AI制药深度学习人工智能
第 7 周：Scaffold Split 和 GNN 入门
记录 random split 与 scaffold split 的差异，以及从 Morgan Fingerprint 过渡到分子图和简单 GCN baseline 的过程。
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2026/5/25
人工智能软件工程Agent开发
FastAPI 入门：7 个核心概念快速上手 Python Web API
从最小程序到完整示例，系统梳理 FastAPI 的 7 个基础概念：路由、路径与查询参数、Pydantic 请求体、JSON 响应、HTTPException 错误处理与 async/def 选择，帮助快速搭建可用于 AI 药物发现项目的接口。
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2026/5/21
人工智能生物信息学AI制药
从 SMILES 到分子指纹：用 RDKit 把分子变成机器学习能读懂的向量
以 AI 制药平台项目为背景，梳理 SMILES、Mol 对象、Canonical SMILES、分子描述符、Morgan 指纹和 Tanimoto 相似度，理解 RDKit 如何把化学结构转成可用于检索、建模和预测的数字特征。
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2026/5/18
AI工具软件工程
everything-claude-code 在 Codex 的应用：不要照搬全家桶，而是做一套更聪明的增强层
从 Codex 原生能力出发，拆解 everything-claude-code 中哪些规则、skills 和工作流值得迁移，哪些配置不应该原样照搬。
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2026/5/15
软件工程DevOps
Docker 入门：从镜像、容器到项目部署
面向第一次接触 Docker 的学习笔记，梳理镜像、容器、Dockerfile、常用命令、Nginx 反向代理和服务器部署流程。
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2026/5/11
人工智能生物信息学
用MLP预测氨基酸亲疏水性：一个完整的机器学习小实验-PyTorch版
使用PyTorch构建MLP模型，结合RDKit Morgan指纹特征工程，通过留一交叉验证预测20种标准氨基酸的亲疏水性，覆盖数据处理、模型训练、正则化与评估的完整流程。
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2026/5/7
软件工程DevOps
Mac在外网SSH绕过内网NAT的完整指北
无需公网 IP，通过 Tailscale 组建虚拟局域网，实现 Mac 远程 SSH 登录家里 Windows 主机的完整配置指南。
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2026/5/5
深度学习人工智能生物信息学
AminoHydro Classifier：用 SMILES 和 MLP 判断氨基酸亲疏水性
基于 RDKit 提取 Morgan 指纹，使用 MLP 神经网络对氨基酸进行亲疏水性二分类的入门项目完整笔记
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2026/4/17
深度学习生物信息学
AlphaFold：蛋白质结构预测的革命
介绍 AlphaFold 如何利用深度学习解决蛋白质折叠问题，以及它对生物制药的影响。
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2026/4/17
深度学习生物信息学
AlphaFold：蛋白质结构预测的革命
介绍 AlphaFold 如何利用深度学习解决蛋白质折叠问题，以及它对生物制药的影响。
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2026/3/25
Agent开发人工智能
LangChain 实现 RAG 检索增强问答系统：两种 Agent 方案详解
基于 LangChain 最新 API，完整实现 RAG 智能检索问答系统，涵盖大模型配置、文档处理、向量入库及工具调用型与上下文注入型两种 Agent 方案的构建与选型。
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2026/3/23
Agent开发人工智能
LangChain 实现 PDF 检索：从文档加载到向量查询的完整流程
基于 LangChain 框架，完整讲解 PDF 文档加载、文本分片、向量转换、Chroma 向量库存储及多种检索方式的实现方法。
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2026/3/21
Agent开发人工智能
RAG 入门：用检索增强生成解决上下文限制与幻觉
从分片、索引、Embedding、召回、重排到生成，通俗讲清 RAG 的完整工作流与核心价值，适合理解文档问答系统的基础原理。
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2026/3/20
随笔
macOS 环境变量排查：解决 npm 全局命令 command not found
从 Claude CLI 安装后无法执行出发，梳理 zsh 与 bash 配置文件差异，并给出在 macOS 下修复 PATH 环境变量的实用方案。
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2024/4/17
随笔
欢迎来到 AI × 生物制药博客
这是我的第一篇学习笔记，记录开启 AI 与生物制药交叉领域学习之旅的起点。
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2023/4/23
软件工程
Flutter vs React Native：跨平台移动开发框架深度对比与选型指南
深度对比 Flutter 与 React Native 两大跨平台框架，从语言特性、性能表现、UI 开发、生态社区等多维度分析差异，助你做出合适的技术选型决策。
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2023/3/23
软件工程
SSM 框架学习笔记
Spring、SpringMVC、MyBatis 三大框架整合开发的核心知识点与实践总结
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2023/3/23
软件工程
Tomcat + Servlet 基础入门：从环境搭建到请求响应全解析
系统讲解 Tomcat 服务器配置与启动、Servlet 开发与部署、生命周期管理、线程安全及 Request/Response/Cookie/Session/ServletContext 等核心对象的使用方法。
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2023/3/23
软件工程
Vue3 与 TypeScript 全面学习笔记
涵盖 Vue3 核心特性、组合式API、Vue Router、TypeScript 类型系统及两者配合使用的完整学习笔记
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2023/3/23
软件工程
JavaScript 原型与原型链详解
深入理解 JavaScript 原型机制，从构造函数、prototype、__proto__ 到完整原型链的工作原理
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2023/3/23
软件工程
Vue3 框架设计与源码解析
从全局视角理解 Vue3 框架设计思想，涵盖声明式与命令式、运行时与编译时、编译器与渲染器的核心原理
Read Note
2023/3/23
软件工程
基于浏览器的网络基本原理：从 DNS 解析到服务器响应的全流程
通俗易懂地讲解浏览器访问网页的完整网络流程，涵盖 DNS 解析、TCP 连接、HTTP 请求发送、服务器响应及负载均衡、缓存与 CDN 等优化机制。
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